일단.. 네이버를 접속했을 때 느려지는 것은 플래시 때문입니다.
iStat menus 라는 어플리케이션을 설치하여 시스템의 cpu 점유율을 실시간으로 확인해보세요.
cpu를 많이 잡아먹고 있는 상위 5개 프로세스를 실시간으로 확인할 수 있는데
네이버에 접속 시 WebProcess 라는 녀석이 엄청난 점유율을 잡아먹는 것을 확인할 수 있습니다.
네이버 뿐 아니라 네이트, 다음 등의 국내 포털사이트들이 첫페이지에 심어놓는 플래시 광고들 때문입니다.

믹서창의 랙걸림 현상은 원인을 모르겠지만 느려지는 순간 어떤 프로세스에서 점유율이 상승하는지 확인해보세요..

오롤로님의 맥에대한 식견에 감탄하고갑니다 ㅎ

우선 인터넷접속을 끊어놓으시구요,
하드는 os랑 프로그램돌리는 하드와 파일이 저장되는 하드가 분리되어 있나요??
(하드를 파티션하는게 아니라, 두개의 하드가 있느냐는 질문입니다.)

저도 제 맥북프로가 얼마전 씽씽 대면서 엄청 힘들어 하는걸 경험했습니다.
아무것도 안하는데 계속 열만받고 있더라고요.
Utilities 에서 Activity Monitor 를 띄었더니 이름은 정확하게 기억이 안나는데 Adobe 에서 플래시에 관련된 뭐 하나가 CPU 점유율 60% 이상을 계속 차지하고 있더군요.
그걸 그냥 지워버렸더니 하루종일 열받고 있던 녀석이 바로 조용해 졌습니다.
참 웃기는 현상입니다.
ODD 빼버리고 하드를 하다 더 달고 바로 일어난 일이라 뜨끔했었는데 이렇게 해결이 되서 안도의 한숨을 내쉬었던 기억이 있습니다.

소중한 답변들 모두 감사합니다..