포맷이 서로 다르기 때문에 샘플레이트 디지털 컨버터를 사용하셔야 합니다. ^^

샘플레이트와 비트수가  동일하면 옴의 매칭이 안맞아서 약간의 음의 저하는 있지만 한쪽은 AES/EBU 용 디지탈 전용 캐논 커넥터, 한쪽은 SPDIF용 RCA 단자로 연결해서 쓰셔도 되긴 됩니다. SPDIF는 AES의 컨슈머 버전으로 시그널 데이터는 BMC라는 같은 엔코딩 방식을 사용합니다. 노이즈가 확 낀다거나 그런일은 없으니 걱정은 안하셔도 되구요. 링스에서 제공되는 커넥터도 저런식으로 제조해서 번들로 끼워주더군요.
인터넷에 보면 양 포맷의 차이점에 대해서 잘 기술하고 있는 자료들이 많습니다.
실용적인 관점에서 제조사의 홈페이지에 한번 문의해 보시면 더 좋을듯 합니다.
전체 시스템을 저런식으로 커넥팅하면 좀 걱정스럽지만 악기 채널 하나 정도는 상관없을 것 같네요.

디지탈 아웃이라면 베이스에서 라인 아웃 개념으로 되겠지요. 아날로그 녹음이라면 역시나 마이크를 대는 것이구요.
일반적인 베이스 기타에서 다이렉트 아웃 녹음은 음이 깔끔한 대신 펀치감이나 중저음의 밀도가 떨어지겠고, 마이킹은 밀도와 힘이 증가하는 대신에 앰프나 라인에 문제가 있으면 노이즈가 낄수도 있고, 녹음실의 룸 어쿠스틱이 나쁠경우 힘있고 기분좋은 저음이 아니라 아주 탁한 스탠딩 웨이브가 들어올 수 있겠지요.

어떤 앰프인가요? 회사와 기종좀 알려주세요~ 신기하네요. ^^.

포맷이 변환되었다고 가정하고....  여기서는 시그널 패스가 앰프까지는 동일한 상태에서 출력을 아날로그로 할것이냐 디지털로 할것이냐를 놓고 비교해야 맞을 것 같네요.

앰프의 디지털 아웃을 그대로 사용하신다면 앰프의 증폭된 시그널이 앰프의 A/D를 거쳐서 디지털로 바로 컴퓨터로 데이터를 받겠죠. 400f의 A/D를 거칠 필요 없이요.
아날로그 아웃을 받는다면 400f의 A/D를 거쳐야 하구요. 앰프까지의 셋팅은 동일하게 하시고 두가지 다 해보시고 맘에 드시는 쪽을 선택하시면 됩니다.

그리고 AES/EBU를 SPDIF로 바로 케이블링만 해서 연결하시는건 매우 바람직하지 않습니다. 두가지 포맷의 로우레벨 포맷은 같으나 서브코드가 달라서 신호가 들어온다고해도 동일한 신호가 아닙니다. 또한 전송시의 전압도 달라서 문제가 될 수도 있습니다. 최근의 기기들은 대부분 신호가 들어온다고 하는데 꼭 이렇게 할 수밖에 없는 상황이 아니고서는 안하시는게 좋을 것 같습니다.

XLR 2번 - RCA tip
XLR 3번 - RCA ground
XLR 1번 - x

베이스기타 앰프 아웃풋이 aes/ebu 단자라면
AES/EBU 캐논잭에 케이블은 100옴으로 400F spdif쪽으로는 RCA단자로 하시면 사용할수 있습니다
driemon//님꼐서 말씀하신 동일한 신호가 아니며 전압의 문제에 관해서는 모르겠습니다.
동축케이블은 50옴, 혹은 75옴인데 캐논단자를 쓸수가 없어 임피던스 변환기를 거쳐야하구요..