흠.. 올만에 들려서 보니 답변없는 질문이 있어서 답변 드립니다. (무플 방지 위원회??)
참고로 미천한 실력을 가진 삽질 메냐의 답인지라 반드시 정답이라곤 할 수 없습니다.^^;

1.당연 차이가 있습니다. 그리고 앰프도 틀립니다.
어차피 구조상으로만 본다면 완전히 틀리진 않지만 소린 다릅니다.
쿼뎃과 POD의 프리앰프는 둘다 구조상으론 OP엠프입니다.
POD의 튜브 프리앰프는 시물레이션입니다.
즉, 흉내죠... 물론 GTR 자체도 튜브 시물기능이 있던걸로 기억합니다.
다만 POD가 악기전용답게 악기입력 시 앰프 효율면으로 보나 소리로 보나 쿼뎃보단 조금 더 좋습니다.

2.POD와 플러그인GTR도 녹음하면 당연 차이가 있습니다. 하지만 이게 퀄리티차이로 연결되느냐?
라고 한다면 글쎄요? 라 답하고 싶습니다. 둘다 쓰기 나름이니까요.
잘쓰면 어느쪽을 선택해도 괜찮습니다.
개인적으론 GTR보단 IK사의 앰플리튜드나 NI사의 기타리그를 추천합니다만...^^;
(적어도 POD나 GTR보단 원하는 사운드 뽑기에 용이 하게 사용할 수 있을 껍니다.)
H/W와 S/W의 차이는 시퀀서에 따라 틀리지만 큐베나 누엔도등의 원소스 비파괴 방식 레코딩 기반이라면...
h/w방식(POD)는 이미 인풋단계에서 이펙터가 걸려있기(이펙터를 POD에서 먼저 걸고 받을 경우!) 때문에 이펙터 수정이 불가능 합니다.
반대로 S/W의 경우는 인풋자체가 생톤(natural Tone)이기 때문에 언제든 마음에 안들면 이펙터 수정이 가능하죠...
이런 기능적인 부분외에는 사용자의 쓰기 나름입니다.

3.POD->GTR로도 어떻게 작업했느냐에 따라 틀립니다.
POD에서 dist이펙터를 걸고 GTR을 또 걸면 소리 수습안될껍니다.
보정을 할꺼면 GTR이 아닌 다른 플러그인을 사용하셔야 하겠죠... comp나 eq 등등..
다만 POD에서 단순 hi-z 게인 입력을 위한 프리앰프로만 사용을 했다면...
GTR등으로 마음껏 장난을 쳐도 되겠죠...
즉 POD에서 무얼 얼마나 사용했느냐에 따라서 GTR을 쓸수도 있고 못 쓸수도 있습니다.
POD나 GTR이나 같은 개념이기 때문에(둘다 앰프 시물레이터) 중복해서(앰프모델이나 이펙터등)
사용하면 좋은 효과는 기대하기 힘들겠죠..
2중으로 걸려서 소리가 좋아질 확율은 상당히 떨어지니까요.

이상입니다.

갠적인 추천은... POD가 손에 익으면 POD로 올인 하시고..
어둠의 루트 등의 플러그인 입수가 더 수월하다는 전제하에 꾸준히 여러가지 사운드 장난질을 치고 싶다면..
POD 기종을 잘모르지만 USB가 지원된다면 기타 녹음은 POD의 usb를 통해 입력받고
(물론 POD의 내장 앰프모델이나 이펙터를 안써야 합니다. 그냥 프리앰프 용도로만 쓴다 생각하심되요.)
후에 IK의 앰플리튜드나 NI의 기타리그로 이리저리 만져보시면 잼있을껍니다.
아예 밖으로 나갈일 없다면 구태어 POD를 고집하실 이유는 사실 없어요.
차라리 적당한 체널스트립 하나 구해서 기타랑 쿼뎃 사이 연결해서 플러긴으로 조져도 충분합니다.^^;

감사합니다 ^^

저는 기타를 잘치진 못하고 오래'만' 연주해온 사람입니다만..
쿼텟의 HI-Z의 질이 어느정돈지는 모르는 채로 답변 드리자면.
POD를 이용하실 경우엔 POD를 단순히 바이패스하고 쓰실텐데
POD의 OP앰프가 결코 고급의 부품이 쓰인 것은 아닙니다.
그러니 어느쪽이 좋다기보다는 그냥 어떤 '차이'가 있다고보고
여러가지로 시험해봐서 자신의 귀에 더 좋은쪽을 택하시기를..
저는 POD XT와 저급의 인터페이스를 한동안 사용하고 있다가
POD팔고 포커스라이트 사파이어로 바꾸고 HI-Z를 쓰는데.
굉장히 만족하고 있습니다. 제 경우에는 POD를 바이패스해도
POD의 성향이 왠지 묻어나온다는 기분에 사용하지 않습니다.

차라리 POD를 쓰실거라면 POD의 시뮬을 쓰시면 좋겠다싶네요.