안녕하세요. 일단 제가 알고 있는 파일 정리나 용량 정리에 한해 말씀드리자면, 프로툴 클립 리스트에 있는 파일들은 에디팅 클립들입니다. 어떤 건 오디오 파일이 아닌 형태이지요. 프로툴 세션 파일은 에디팅 로그 파일일뿐이니까요. 오디오 파일 폴더에 저장이 되는 것은 실제 오디오 파일형태로 있어야 하는 것들입니다. 예를 들면 콘솔리데이트나 오디오스위트 렌더링 같은 것입니다. 콘솔리데이트는 선택한 클립들을 실제 오디오 파일로 만드는 명령어입니다. 수많은 클립들이 실제 사운드를 가진 오디오 파일로 변환이 되기에 용량이 늘어날 수 밖에 없는 것이지요. 작성자님께서 원하시는 것을 하시려면 Save Copy In... 이 가장 좋습니다. 그리고 이전 세션을 날려버리는 것이지요. 하시기 전에 원하시는 트랙만 선택하시고, Save Copy In 창에서 Selected tracks Only, 와 Audio Files를 체크하시면 됩니다.
전 개인적으로 콘솔리데이트를 쓰지 않습니다; 용량이 불어나기 딱 좋기 때문이지요ㅠ 사운드마이너에서 불러오면 자동적으로 오디오 파일 폴더에 저장되고, 클립들은 에디팅 로그에 넣어지고, 다 하고 나서 Cmd Shft U (Select Unused Clips)와 Cmd Shft B (Clear Selected)하시고, Delete 하시면 클립리스트에서 사용하지 않는 클립/파일들은 싹 날라가니까요ㅎㅎ 도움이 되었으면 좋겠습니다!

세이브카피인 보통 다른 스튜디오에 들고갈때만 생각했는데 그런 방법이 있었군요. 정말 감사드립니다.^^

리전 리스트 메뉴중에 '콤팩트'라는 메뉴가 있는데 선택된 리전의 앞뒤로 필요없는 부분이라면 정해진 길이(앞뒤)로 자동으로 삭제해서 새로운 파일로 만들어버리는(기존 파일은 삭제되면서 정리된파일만 남는..) 기능이 있습니다.
주의하셔야 할 점은 백업 본이 없다면 콤팩트 된 리전은 복구가 불가능하다는 점입니다. 완결된 세션이라면 '콤팩트' 메뉴는 용량 줄이는 방법중 한가지 입니다.